Kościół ten, jako piękny zabytek („perła Baroku”) stanowi nieodłączną część Starego Miasta Łowicza.
Zbudowany został w latach 1672 -1680 z fundacji Jana Szamowskiego – kasztelana gostyńskiego oraz Wojciecha Zimnego – chłopa z Bobrownik i innych dobrodziejów; rozbudowany z fundacji arcybiskupa Michała Radziejowskiego w XVII/XVIII wieku. Kościół został uroczyście konsekrowany w lipcu 1749 roku. Gospodarzami kościoła i kolegium od 1668 roku są ojcowie pijarzy.
Wnętrze kościoła jest trójnawowe z prezbiterium zamkniętym półkolistą absydą. Prezbiterium i nawa główna posiadają sklepienia kolebkowe z lunetami na podwójnych pasach. W przybudówkach przy prezbiterium znajdują się natomiast sklepienia kolebkowo-krzyżowe, a w nawach bocznych i pod chórem: sklepienia krzyżowe na pasach i kolebkowe na emporach. Na szczególną uwagę zasługuje boczny ołtarz kościoła z rzeźbą Matki Boskiej Łaskawej oraz dwiema rzeźbami Salomona i Mojżesza (przypuszcza się, że ich autorem jest Jan Jerzy Plersch). W kościele znajdują się freski przypisywane włoskiemu malarzowi Michelangelo Palloniemu.
Przy Kolegium Łowickim Ojców Pijarów odbywały się Kapituły Prowincjalne. Na jednej z nich w roku 1753 staraniem ks. Stanisława Konarskiego została uchwalona reforma szkolnictwa, najpierw pijarskiego – zatwierdzona przez papieża Benedykta XIV, a potem dała asumpt do powołania Komisji Edukacji Narodowej, co dokonało się na Sejmie Czteroletnim. Również na tej Kapitule zakonnej uchwalono nową instrukcję dla mających się organizować szkół w kraju. To właśnie wspomniany ks. Stanisław Konarski za zasługi w dziele kształcenia i wychowania otrzymał od króla Augusta Poniatowskiego medal „Sapere Auso”.
Pijarzy działający przy kolegiach łowickim i warszawskim wnieśli wielki wkład w kulturę i naukę naszej ojczyzny w wiekach XVII i XVIII. Kościół i kolegium łowickie ojców pijarów przechodziło różne koleje losu. W czasach wojen napoleońskich w 1831 wojsko rosyjskie ten kościół zdewastowało i zmieniło na skład prochu, a nawet podobno na stajnię. Od tej pory datuje się zniszczenie bezcennych XVII-wiecznych fresków na ścianach świątyni. Część z nich została zamalowana, a część - bardzo zniszczonych – jest widoczna i obecnie odnawiana. W czasach pruskich w kościele urządzono szpital wojenny, a w czasie I wojny światowej był w nim garaż dla samochodów wojskowych. Wszystko to wpłynęło na kondycję zabytkowej budowli. Dużemu zniszczeniu uległy freski przypisywane włoskiemu malarzowi Michelangelo Palloniemu.
Bardzo groźnemu pęknięciu – ciągle się powiększającemu – uległa ściana zachodnia nawy świątyni. Pilnej renowacji potrzebują zabytkowe ołtarze, organy i inne elementy wyposażenia świątyni.
Staraniem pijarów oraz fundatorów i dobroczyńców otwarto przy kościele w 1670 roku szkołę dla dzieci i młodzieży. Po upadku powstania listopadowego szkoła pijarska w Łowiczu podzieliła los innych szkół pijarskich w Polsce i za wychowanie patriotyczne została zamknięta przez zaborców.
Obecnie ojcowie pijarzy, którzy po długiej przerwie trwającej od roku 1864 do 1958 powrócili do Łowicza i prowadzą działalność duszpasterską (kościół rektoralny) oraz działalność edukacyjną, kontynuując wielkie dzieło ks. Stanisława Konarskiego i wielu innych pijarów minionych pokoleń.
Począwszy od 1995 roku i poprzez kolejne lata Ojcowie Pijarzy otworzyli w Łowiczu trzy szkoły: podstawową, gimnazjum (wygasło w 2019 r.) i liceum, do których obecnie uczęszcza ok. 540 dzieci i młodzieży.